Hacia la epidemiología genómica bacteriana multihuésped global

Resumen

La secuenciación del genoma completo (SGC) es la opción ideal para realizar la epidemiología molecular de bacterias. Existen diversos enfoques para analizar los datos de SGC, desde filogenias genómicas o esquemas MLST del genoma central, hasta análisis de identidad nucleotídica promedio e incluso análisis de datación molecular. Estos enfoques han impulsado con éxito la epidemiología genómica de patógenos bacterianos. Sin embargo, persisten algunos desafíos importantes en el muestreo. Primero, el fuerte sesgo hacia la vigilancia clínica, cuando muchos de los llamados "patógenos humanos" también se encuentran en otros huéspedes. Segundo, la distribución es muy irregular de países con SGC disponible, con muchos países que apenas cuentan con aislamientos secuenciados. Finalmente, muchos estudios se centran únicamente en cepas resistentes a los antibióticos, pasando por alto la diversidad que albergan las cepas sensibles. Por lo tanto, idealmente, los estudios futuros deberían realizar una epidemiología genómica bacteriana global de múltiples huéspedes, independientemente del fenotipo de resistencia a los antibióticos de las cepas.